महाराष्ट्रामध्ये वाढता कोविड 19 (COVID 19) चा प्रभाव पाहता आता रूग्णालयांच्या आणि कोविड सेंटरमध्ये वाढ करण्यात आली आहे. दरम्यान पुण्यात लष्कराचे स्वतंत्र कोविड - 19 रुग्णालय असणे आवश्यक होते जेणेकरुन बहु-उद्देशीय सदन कमांड रुग्णालयाला बिगर-कोविड रुग्णांवर व्यवस्थित उपचार करता येतील, म्हणून एआयसीटीएस (AICTS Pune), कोविड हॉस्पिटलमध्ये रूपांतरित करण्यात आले आहे. हे सेंटर मुख्यत: सेवेतील कर्मचारी, माजी सैनिक आणि त्यांच्या कुटुंबियांवर उपचार करण्यासाठी 29 मार्च 2020 पासून कोविड सेंटरमध्ये रूपांतरित करण्यात आले आहे. यामध्ये 350 अलगीकरण खाटा, 20 खाटा गंभीर रुग्णांसाठी (व्हेंटिलेटर), 30 इंटेन्सिव्ह केअर युनिट (आयसीयू) चा समावेश आहे. हे रुग्णालय केवळ सशस्त्र दलातील कोविड रुग्णांसाठीच नव्हे तर पुणे व आसपासच्या भागातील सामान्य रुग्णांसाठीही आधार ठरत आहे.
स्थानिक प्रशासनाच्या निर्देशानुसार एआयसीटीएस पुणे जिल्ह्यातील कोविड - 19 संक्रमित पोलिस कर्मचारी आणि नागरिकांची काळजी घेत आहे. रूग्णालयात अनेक मल्टि-ऑर्गन प्रकरणे व्यवस्थितपणे हाताळली गेली आहेत तसेच हे रुग्णालय अनेक संशोधन प्रकल्पांमध्ये महत्वपूर्ण सदस्य राहिला आहे. कोविडवरील उपचारासाठीच्या जागतिक आरोग्य संघटनेच्या "सॉलिडॅरिटी चाचणी" वरील अभ्यासातही रुग्णालयाची महत्वपूर्ण भूमिका राहिली आहे.
रुग्णालयात आजपर्यंत 1650 पेक्षा जास्त कोविड रूग्ण दाखल झाले आहेत आणि 1333 हून अधिक रुग्णांना घरी सोडण्यात आले असून रुग्ण बरे होण्याचा दर 81 टक्के आहे. 322 हून अधिक गंभीर नागरी रूग्णांना दाखल करण्यात आले होते आणि 55 पोलिस कर्मचार्यांवर आयसीयूमध्ये उपचार करून त्यांना सोडण्यात आले आहे. पुणे कॅन्टोन्मेंट जनरल हॉस्पिटलला संस्थेने आयसीयूची आवश्यकता असलेल्या 40 हून अधिक रूग्णांची काळजी घेत मदत केली आहे.
आर्मी इन्स्टिट्यूट ऑफ कार्डिओ थोरॅसिक सायन्सेस (एआयसीटीएस, पुणे) ही राष्ट्रीय स्तराची एक प्रमुख संस्था आहे जी हृदय विकार, कार्डिओ-थोरॅसिक शस्त्रक्रिया, पल्मोनरी आणि इंटरव्हेंशनल रेडिओलॉजी आणि पॅथॉलॉजी आदींशी निगडित उपचार करते. 1942 मध्ये इंडो बर्मी जनरल हॉस्पिटल म्हणून ही संस्था उदयास आली आणि 1946 मध्ये त्याला मिलीटरी हॉस्पिटल औंध असे नाव देण्यात आले. 1972 साली हे रुग्णालय आता ज्या जागेवर आहे त्या ठिकाणी हलवण्यात आले. या रुग्णालयाची भूमिका बदलत ती एक मिलीटरी हॉस्पिटल कार्डिओ थोरॅसिक सेंटर (सी टी सी) म्हणून विशेष संस्था बनली. 20 फेब्रुवारी 2020 रोजी एमएच सीटीसी ची आर्मी इंस्टीट्यूट ऑफ कार्डिओ थोरॅसिक सायन्सेस अशी पुनर्रचना होऊन रुग्णालयातर्फे विशेष क्षेत्रात संशोधन प्रकल्प हाती घेण्यात आले.